SEAL Team handelt von verschiedenen Soldaten, die Teil der titelgebenden Spezialeinheit der Navy SEALs sind. Angeführt wird das Team von Jason (David Boreanaz), der bereits zahlreiche Einsätze verantwortete und seine Männer jedes Mal wieder heil in ihr Vaterland zurückgebracht hat. Doch die neuste Mission wartet mit ungeahnten Herausforderungen auf und verlangt Jason sowie seinen Männern einiges an Durchhaltevermögen ab. Nun dürfen sie sich keine Fehler mehr erlauben, ansonsten steht nicht nur ihr eigenes Überleben, sondern auch das unzähliger anderer Menschen auf dem Spiel.