Im Zentrum stehen die beiden Agenten Mason Kane (Madden) und Nadia Sinh (Jonas) von Citadel, einer global agierenden Spionageagentur, die keinem Land verpflichtet ist. Die beiden wissen jedoch nichts mehr von ihrer actiongeladenen Vergangenheit und leben ein „normales“ Leben mit neuen Identitäten. Dies ändert sich, als Mason von seinem früheren Kollegen Bernard Orlick (Stanley Tucci) aufgespürt und um Mithilfe gebeten wird. Gemeinsam mit seiner früheren Partnerin Nadia gilt es, der finsteren Organisation Manticore das Handwerk zu legen, die eine neue Weltordnung anstrebt.